Чтобы автоматически загружать / использовать модели Mongoose ODM просто создайте файл index.js в каталоге с вашими моделями (например, lib/models) и поместите туда следующий код:

let fs   = require('fs'),
	path = require('path');

let db = {}

fs.readdirSync(__dirname).filter(function(file) {
	return (file.indexOf('.') !== 0) && (file !== 'index.js')
}).forEach(function(file) {
	let name = path.parse(file).name;
	
	name = name.charAt(0).toUpperCase() + name.slice(1);

	db[name] = require(path.join(__dirname, file))
})

module.exports = db

Далее вы можете использовать модели следующим образом

const _MODELS = require('lib/models');

_MODELS.User.find()
_MODELS.Article.find()